La Iglesia de San Pedro en Asís fue fundada junto con el monasterio en el siglo X por los benedictinos del monte Subasio en una época de expansión *estratégica* de la Orden. A principios del siglo XIII fue reconstruida según un particular diseño románico-gótico. La fachada rectangular construida con la típica piedra rosa del monte Subasio. está salpicada por tres portales. como muchos rosetis y dos tiras divididas por una cornisa con arcos suspendidos. El portal central está flanqueado por dos leones. Fue consagrado por el Papa Inocencio IV en 1253. El interior. restaurado en 1954. tiene tres naves separadas por pilastras. con un presbiterio elevado. ábside semicircular y cúpula. Monumentos funerarios de aristócratas de Asís de los siglo XIII y XIV se encuentran en la contrafachada y lados del presbiterio. mientras que en las paredes y en las capillas hay pinturas de la misma época. Una característica principal. por mucho que parezca irrelevante. es que no pertenece a la Orden Franciscana.